8月1日，国家卫生计生委发出的《关于印发洪涝灾害后卫生防疫有关方案的通知》指出，洪涝灾害发生后，应重点关注霍乱、痢疾、伤寒副伤寒、其他感染性腹泻、病毒性肝炎（甲肝、戊肝）、流行性出血热、钩端螺旋体病（钩体病）、乙型脑炎（乙脑）、血吸虫病、流感、流行性出血性结膜炎（红眼病）等传染病的防控。
《通知》要求，灾区各级医疗卫生机构和临时医疗点要加强传染病疫情监测，适时开展症状监测，一旦发现疑似传染病病例和聚集性疫情，灾区的疾控机构和医疗机构人员要及时赶赴疫情发生地，按照突发公共卫生事件处置的原则和方法，迅速采取防控措施，防止疫情扩散和蔓延。
同时，国家卫生计生委印发的《洪涝灾害灾区传染病暴发疫情调查与控制要点》《洪涝灾害灾区传染病和突发公共卫生事件监测技术指南》《洪涝灾害灾民安置点卫生状况与需求快速评估技术指南》等12个2017年版洪涝灾害后卫生防疫有关技术指南和方案。
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